La vicenda si svolge all'incirca un paio di secoli fa a Hokkaido, un'isola nel nord del Giappone. Jin vive solo in mezzo ai boschi con il padre, un monaco buddista che nasconde al figlio un importante segreto. Entrambi passano le giornate curando un enorme giardino zen. Jin porta dentro di se un mistero che non sa di custodire. La passione per i bonsai lo portera in un antico villaggio noto come il paese della seta dove avra modo di incontrare un leggendario maestro che gli insegnera l'arte di leggere gli occhi della gente. Nella sua peregrinazione sara accompagnato da Haruki, un ragazzino viziato di Tokyo, che con la sua semplicita gli fara capire che la vita va vissuta con leggerezza. La madre di Haruki e la sua malattia di vivere avranno un ruolo importante all'interno della storia. Bonsai e un romanzo di formazione dove il protagonista scopre la sua vera natura e la asseconda fino in fondo, anche a costo di ferire a morte il padre e il suo mondo bigotto. Leggere questo romanzo non consente solo di calarsi in un'atmosfera zen densa di segreti inconfessabili, ma permette al lettore di riflettere assieme al protagonista su cio che veramente conta, cioe il mistero del vivere.