In Het Pilgrim Fathers complot wordt de lezer in razende vaart meegevoerd van de nauwe steegjes van Leiden naar de weidse wateren van Cape Cod in de Nieuwe Wereld. De geschiedenis lijkt nooit te zijn als de boeken ons willen doen geloven.Daar komt universiteitsdocent Peter de Haan achter als hij ongewild betrokken raakt bij de moord op de voorzitter van de plaatselijke vrijmetselaarsloge en een verborgen manuscript over de Pilgrim Fathers. Waarom bleef een deel van de Pilgrim Fathers in Leiden achter? Wat hebben de vrijmetselaars daarmee te maken? En welke relatie had Peters vriendin met de vermoorde voorzitter?